陽明交通大學牙醫學系成立於民國六十五年，為六年學制，招收自費學生。並於八十一年、八十二年分別成立臨床牙醫學研究所與口腔生物研究所碩士班。八十三年再成立牙醫學院籌備處，八十九年奉准成立牙醫學院，得使牙醫教育更趨健全。創系四十多年來，秉著兼顧基礎學理與臨床訓練的原則，培養具獨立思考及研究精神的時代青年。目前共有千餘名畢業生，多數從事臨床醫療工作──以仁心仁術照顧國民的口腔保健；亦有部分校友繼續深造，取得歐美先進國家之著名大學的博士學位，投入尖端牙醫生物及材料科學的研究工作。陽明交大牙醫之畢業生於國家考試，高考及公費留考屢創佳績，每一位校友的醫德及高超醫術素養不愧陽明之嚴謹訓練。
牙醫學系宗旨及目標
宗旨：
一、成為國內頂尖的牙醫教育中心。
二、成為國際一流的口腔醫學研發中心。
目標：
一、推動牙醫教改與實證牙醫訓練。
二、建立卓越之國際口腔醫學研究。
三、培養術德兼優的口腔醫學專業人才。
核心能力 ：獨立思考、全人照護、社會服務
碩博士班教育目標
一、訓練具獨立思考與解決問題之能力並有先進牙醫學知識之研究生。
二、延續大學部課程使成為學士、碩士、博士完整的一貫教育體系。
三、利用有限資源，凝聚教育共識，提升臨床與基礎兼顧之牙醫學教育水準。
孜孜不倦的教師群
許多業有專精的老師諄諄教誨，是探索不盡的知識寶庫。在專任教師方面現有博士十六位，碩士十位。另有許多資深的臨床牙醫專、兼任之合聘教授、副教授，提供寶貴的臨床經驗，期與學理相配合。教學方面，本系以小班教學，紮實基礎牙醫學知識，並有最新科學論文專題討論，學子們浸淫在濃厚的研究風氣中，對未來可以有更深刻的思考及更多的選擇。
完善的硬體
牙醫館為牙醫學院之主體，為獨立的四層樓白色建築物，座落於圖書館與醫學館之間，外有美麗的噴水池及層層疊疊的花園式階梯環境，真是個好所在！館內設施完善除學院及系、所辦公室外，另包括各科的學生實驗室，並有各種最新式最完整的實驗設備，館內各樓層尚有許多研究室探討如分子生物學、微生物學、生物材料學及病理學等等最先進的口腔醫學科學。
臨床訓練
陽明交大牙醫系學生的臨床訓練是最為他校所稱羨的。見習方面：在四年級寒、暑假有八週時間，五年級每週有一天在台北榮總牙科部見習。內容包括：實際理學檢查及臨床教學觀摩、臨床技術及簡易助理工作，並可參與病理討論。實習方面：有台北榮總、台中榮總及高雄榮總三大醫學中心，可依意願選擇。實習科別有：齒列矯正、兒童牙科、牙周病科、家庭牙醫、根管治療、口腔贗復、口腔顎面外科門診和病房，及內、外科。本系為改進教學品質與加拿大英屬哥倫比亞大學建立學術交流，推展教改小班教學，同時又與紐約大學牙醫學系與多間國際大學締結姊妹系。由於實習醫院的師資與教學資源相當充足，又有許多自己的學長姊，既可學到東西又是溫暖的大家庭，是全國難得的實習環境，希望大家多多珍惜。
醫學研究
當然，我們要培養的絕不只是優良的臨床技術，理性思考與科學研究更是著重的方向。其具體表現除了在與榮總牙科共同出版的『牙醫科學雜誌』季刊外，系上各教師均積極研究。目前研究主題：植牙學、口腔生物材料學、口腔組織工程學、顳顎關節生理學、口腔生物學、牙周再生術、基因失控導致口腔癌之機轉、牙痛機轉等。牙醫系的學生可以利用課餘的時間或寒、暑假工讀，參與研究工作，一窺現代科學殿堂的奧秘。除了選擇作牙醫師，畢業後牙醫學生更可選擇進入臨床牙醫學研究所及口腔生物研究所做基礎醫學研究，繼續從事牙醫教育及研究工作。